文章题目：肠道旁路转化中的时空基因组分析揭示胃癌进展的克隆动态 发表时间：2023年12月 期刊名称：癌细胞 影响因子：5.03

实验平台

本研究采用了多种高通量技术，包括单细胞测序、GeoMx数字切片技术、全外显子测序（WES）以及总RNA测序。本研究所用定制的胃癌基因组面板包含277个基因，这些基因均源自癌症基因组图谱（TCGA）及其他相关研究。

样本信息

研究涵盖了2980名年龄超过50岁的中国患者，时间跨度从2004年到2015年，取样涉及多个胃部区域，包括幽门、胃体和贲门。

单细胞空间组学的应用

在研究中，首先对10名非癌症受试者进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），鉴定出了四类主要的细胞群，分别为胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群以及基质细胞群。针对胃与肠系谱进行了详细的亚群注释，识别出两种胃细胞及四种肠细胞。细胞比例分析显示，肠道细胞和胃细胞比例的减少与肠道代偿不良（IM）严重程度相关。此外，SOX9基因在特定的细胞类型中（例如胃LYZ+细胞及肠道干细胞）表现出显著的高表达，提示其在肠道旁路转化中的重要性。

GeoMx数字切片技术

本研究选择了8例胃癌患者的组织切片进行GeoMx DSP检测，并结合单细胞RNA测序数据分析细胞类型的空间分布。研究进一步将每个肠道代偿不良区域标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析显示，干细胞显性IM区域显著过表达氧化磷酸化相关的基因，并且这些基因在GC区域同样表现出显著的表达。此外，通过对肠干细胞及肠细胞的标记物进行层次聚类发现，干细胞显性IM与胃癌群体展现出相似的表达模式，而肠细胞主导型IM则显示出明显的异质性，表明即使在同一受试者中，肠道旁路转化的表现也大相径庭。

文章小结

本研究通过联合单细胞空间数据分析，确立了肠道细胞和胃细胞与肠道代偿不良严重程度之间的相关性，且干细胞显性IM的表达特征与恶性细胞群体相似。同时，SOX9在胃LYZ+细胞与肠道干细胞中的高表达显示出其在胃癌进展中的潜在关键作用。此项研究强调了时空基因组学在肠道旁路转化研究中的应用前景，进一步推动了胃癌的生物医疗研究。

推动着这一领域向前发展的尊龙凯时，也为研究提供了强大的技术支持，致力于带给患者更好的健康管理方案。